Air Malta seyahatinizde hiçbir ek ücrete tabi olmadan yanınıza alabileceğiniz el bagajınız, en fazla 20 cm x 40 cm x 55 cm ebatlarında, 10 kg ve 1 adet olmalıdır. Club Malta yolcuları ise yine aynı ölçülerde maksimum 15 kg’lık el bagajı alabilir. Ayrıca laptop, kamera, el çantası gibi küçük eşyalar da almanız mümkündür. El bagajı dışındaki eşyalarınızı check-in kontuarlarında teslim etmelisiniz. Air Malta uçuşlarının hepsinde geçerli olan genel şartlardan biri, her yolcu bagaj teslim işlemlerini uçuşa en geç 45 dakika kala tamamlamalıdır. Normal bagajlar için simply fly ve best value yolcuları maksimum 20 kg’lık 1 adet, spoil yourself, business basic ve business value yolcuları en fazla 20 kg’lık 2 adet, business anytime yolcuları da en fazla 32 kg’lık 2 adet bagaj ile seyahat edebilir. 2 yaşından küçük olan çocuk yolcular en fazla 10 kg’lık bagaj alabilirken, 3-16 yaş arasındaki yolcular normal bagaj haklarından yararlanır. Bagaj sınırlarının aşılması durumunda talep edilen ekstra ücretleri İnternet’ten ödemek, havalimanında check-in sırasında ödemeye göre çok daha uygundur. Ekstra ücretler kg başına değil, parça başına geçerlidir. 1. ekstra 20 kg’lık bagaj için 70 avro (2. ekstra bagaj için 100 avro), maksimum 21-32 kg arasındaki ilk ekstra bagaj için 120 avro (2. ekstra bagaj için 150 avro) ödemeniz istenir. Bu fiyatlar havalimanında ekstra bagaj ücreti ödeyecek yolcular içindir. İnternet üzerinden yapacağınız ödemelerde bu ücretler 50, 90 ve 140 avro arasında değişir.