Amasya şehzadelerin yaşayıp eğitim gördüğü bir şehir olduğu için çok sayıda padişaha da ev sahipliği yapmış. Müzede Amasya’da valilik yapmış ancak padişah olamamış şehzadeler Mehmed Çelebi, Alaaddin Çelebi, Ahmet Çelebi, Bayezid Çelebi ve Mustafa Çelebi’nin balmumu heykelleri alt katta sergileniyor. Üst katta ise padişah olabilmiş şehzadelerin Yıldırım Bayezid, Çelebi Sultan Mehmed, II. Murad, Fatih Sultan Mehmed, II. Bayezid Han, III. Murad ile Amasya doğumlu olan Yavuz Sultan Selim'in balmumu heykelleri var.