Ekvador’un en köklü geçmişe sahip havayolu şirketleri arasında bulunan Aerolineas Galapagos, 1986’da iç hatlarda 7 bölgeye başlattığı uçuşlar ile yolcu ve yük taşımacılığına başladı. Uzun yıllar iç hatlarda hizmet veren şirket, 2006 yılında uluslararası uçuşlar için El Dorado Uluslararası Havalimanı’nı merkez olarak belirledi. Global bir şirkete dönüşmek için önce Kolombiya havayolu şirketi Avianca ile birleşen Aerolineas Galapagos, 2012 yılında VIP Ekvador şirketini de bünyesine katarak uluslararası alanda ses getirmeyi başardı. Aerolineas Galapagos’un Bolivya, Kolombiya, Panama, Peru ve ABD’ye direkt uçuşları bulunuyor.