Dünyanın en uç yerleşim bölgelerinin yer aldığı Arjantin ve Şili’nin güneyindeki Patagonya bölgesinde yer alan Coyhaique, Şili’nin Coyhaique ve Aysen bölgelerinin de ortak merkez şehri kabul ediliyor. Simpson ve Coyhaique nehirlerinin çevrelediği şehir, Şili’nin Arjantin’le sınırını oluşturan And Dağları’nın doğusunda kalan nadir şehirlerden de biri. And, Cinchao ve Mackay gibi yüksek dağlar ile irili ufaklı tepelerin çevrilediği bir platonun üzerinde kurulu olan Coyhaique şehri özellikle Aysen bölgesinin sanayii ve endüstriyel üretiminin de merkezi konumunda.
1905 yılında kurulan Aysen Endüstri Derneği bugün hala şehrin beşgen şeklinde kurulmuş olan tarihi merkezinde varlığını sürdürüyor. Simpson Nehri Havzası Milli Parkı ile Coyhaique Nehri Havzası Milli Parkı’na ev sahipliği yapan şehir ormanlarla ve dağlarla çevrili olmasına rağmen hava kirliliği problemiyle boğuşuyor. Özellikle soğuk günlerde daha fazla görülen kirliliğin sebebi ise kalitesiz yakıt ve o bölge ormanlarından elde edilen odunlar olarak görülüyor.
Coyhaique’nin 4,6 kilometre batısında yer alan Teniente Vidal Havaalanı şehri ülke içi uçuşlarla diğer bölgelere bağlıyor. Havaalanının en sık uçuş yaptığı şehir ise karayoluyla 2040 kilometre uzaklıkta bulunan başkent Santiago.